Den 17. december 1925 gik jordarbejdet i gang på Fynssiden. Tyve jordarbejdere gik i gang med at grave muld af på Hindsgavlhalvøen. Arbejdet for denne første del var gået til Monberg & Thorsen.
På Middelfart Havn blev der med bane leveret damplokomotiver, tipvogne, skinner mv. til arbejdet. På flytbare skinner på 50 meters længde blev det hele bragt gennem byens små gader op til entreprenørpladsen på Hindsgavl Mark. Denne var indrettet med kontor- og arbejdsskure, entreprenørsmedie og vandbeholdere på højt stillads til brug for lokomotiver og dampgravemaskine. Firmaet købte i Tyskland en ny gravemaskine, der ankom 1. februar 1926 med skib til Middelfart havn. Den vejede 32 tons. Det tog gravemaskinen blot 15 minutter at fylde et tipvognslæs med 20 vogne.
Hver dag blev der bortgravet 800 m3 jord. Inden længe var der 6 kilometer entreprenørspor og ansat 40 jordbørster. Den samlede jernbaneforlægning på begge sider var på 16,3 km, heraf 4,3 km på Fynssiden. Her gik det ned i en dybde på 19 meter, mens dæmningen op til brohovedet var op til 22 meter høj, og der blev udgravet 739.320 m3 jord.
Jernbanesporene på Fynssiden slår to store sving op til Lillebæltsbroen. Det første store sving fører fra sporene fra den gamle linieføring ind til den nuværende Middelfart Banegård. Derefter går sporet i lige linie op til Hindsgavlskoven, hvor det næste store sving fører dobbeltsporet op til dæmningen og brohovedet.
Da man i midten af 1920erne planlagde jernbaneskråningerne, skulle de udføres med almindelig hældning. Men under den etårige arbejdsmandsstrejke fra maj 1929 til april 1930 begyndte lersiderne i skråningerne at skride ned i udgravningen. Efter strejkens ophør blev der derfor udgravet yderligere 25% fald, og leret blev dækket med et tykt sandlag på over 1 meters tykkelse. Samtidig blev der lagt dræn ned, så regnvand bliver ledt ned i grøfter i udgravningens bund og væk fra banelegemet.
