Middelfart Museums vedtægter beskriver dets formål således:

Middelfart Museum skal med udgangspunkt i sit ansvarsområde sikre kulturarv i Danmark og udvikle betydningen heraf i samspil med verden omkring os.

Middelfart Museum skal gennem de indbyrdes forbundne opgaver indsamling, registrering, bevaring, forskning og formidling i et lokalt, nationalt og – hvis oplagt - globalt perspektiv:

1. Aktualisere viden om kulturarven og gøre denne tilgængelig og vedkommende
2. Udvikle anvendelse af kulturarven for borgere og samfund
3. Sikre kulturarven for fremtidens anvendelse.

På lokalarkivområdet indsamler Middelfart Museum arkivalier, billed- og lydoptagelser, trykt materiale og andre data uanset medium, af ikke-offentlig proveniens.

Museet skal gøre samlingerne tilgængelige for offentligheden og stille dem til rådighed for forskningen samt udbrede kendskabet til resultatet af såvel museets egen forskning som anden forskning baseret på museets samlinger.

Museets ansvarsområde er Middelfart Kommune, indenfor hvilken museet varetager kulturhistorien for nyere tid. Indenfor ansvarsområdet har museet særligt fokus på psykiatrihistorie. Den arkæologiske virksomhed i Middelfart Kommune varetages af Odense Bys Museer.